事は、南国で発見された一匹のギャオスの死体が見つかり村の婆さんが桑を持ち
泣きながら桑をギャオスに付き立てるシーンから始るんだけど、なに喋ってるかわかんないのと
なぜこんなところで死んでるのか？　婆さんはこいつになんかされたんだろうか？と思うぐらいに
憎しみ込めてギャオスを叩く叩く叩く　う〜ん　ハエが寄りたかってるぐらいほっとかれてるんだから
相当な憎しみがあったに違いない。　で、場所は変わり東京渋谷。いきなり空が明るくなると
ギャオスが落ちてくる。　その後回りながらガメラが降りてくるけど、埃だらけで何がなんだかわからない。

　なんかハエを落とすかのように２匹のギャオスは打ち落とされ何事も無くの様に飛び去るガメラ。
その麓で死なずに済んだ子供が「ガメラが助けてくれたよ」と叫んでいたが、飛び去った時にも麓にいた
はずだが、大丈夫だったんだろうか？
取り敢えずギャオスは舞台を｢世界に移すんだけど、ハイパーに成ったらしいがやはり雑魚にしか見えなかった。

　場所は変わり、奈良の「南飛鳥村」そこで始まる虐めの世界。　両親をガメラに殺された（というか
あれを見るからには自業自得としか言い様ないよーな気もするけど）今回のキーマン（女の子だからウーマンか）
「比良坂　綾奈」こと前田　愛。前作で生き残った弟の二人で親戚の所に厄介になってると言う設定で
家では嫌味を言われ、学校では虐められ…う〜ん　酷い……がしかし、綾奈は強いそんな事屈しない
きっと日本の子供達がここまで強かったら虐めは無くなる……かな？
　と、ある日そのグループに「祠にある勾玉持って来い」と言われ中に入ってそれを取ってくる。
まぁ　ここで、「綾奈」に好意を持ってる「守部　龍成」が出てきて、グループを蹴散らすんだけど
既に封印の石を動かした後…ここに「イリス」復活が始まる。

　生まれたばかりのイリスは可愛いんだが、こいつは生き物の体液を吸って食事とするらしく、何人か餌になるんだけど
ここらへんが表現の下手さを正直感じてしまった。　山に遊びに来たねーちゃんがイリスに捕まって
ジャイアントスイング（ねーちゃんの顔がドアップで写る）されて画面が回って気がつけば捨てられるんだけど
落ちてきた時には既にミイラ…食事するのに振回す必要なんてあるんだろうか？

　と、イリスは自衛隊の攻撃も虚しくすくすく成長し、完全体（？）になって、封印を解いた「綾奈」を迎えに京都に向かう
途中でガメラと空中交戦するんだけど、自衛隊の「ペイトリイオット」と言う新型ミサイルを打ち込まれイリスを逃すガメラ
しかし　効果ないんだねぇ　新型なのに。　それだけガメラが強いのか？

　でもって京都は戦場に、私のお家も戦場だ。　イリスにしても、ガメラにしても今回は無駄な破壊が
少ないような気もする　これがゴジラだったら辺り廃墟だもんなぁ　アメリカ版ガジラに至っては
走り回るもんな　そー言う事考えたら　割合紳士的な戦いかもしれない　この戦い。
京都駅内でイリスとガメラ戦うんだけど　なんかあっさりし過ぎ　強いぞイリス　弱いぞガメラなんか速攻
腹に穴開けられて倒れてしまったガメラ…弱い…いや　イリスが強いんだわきっと　流石４神の内の一つ
「朱雀」だ　強いぞイリス　負けるなガメラ（でもこれ見てたらガメラも４神の内の一つ「玄武」に成るんだけどなぁ）
応援も虚しくガメラおやすみなさい。

でもってここで終わったらタイトルが「イリス〜ガメラ滅亡の時〜」に成ってしまう　それは困ったと出てきたのが
「龍成」古の刀を、「綾奈」を取りこもうとするイリスに投げつけ当って跳ね返った刀が綾奈にかすりそれがきっかけで
正気を取り戻す「綾奈」しかし、時既に遅し「龍成」の助け無駄にイリスに吸込まれてしまう。そこで
今までの自分の行為に気付き悩むも、イリスの中。遅かったのよぉ〜と嘆くヒロイン３人、「長島真由美」こと中山忍・
「草薙浅黄」こと藤谷文子・「朝倉美都」こと山崎千里の３人…いや　「朝倉」はこの時既に行方知れずだったから二人だな

　で、回想に浸る「綾奈」結局分らなくなり助けを求めたとたんガメラ復活。イリスの腹に左手を突っ込み
吸込まれた「綾奈｣を探しだし助けるが右手を壁に張りつけられてしまい、動けないところをイリスが止めの一撃を放とうとする
動けないガメラは自分で手首を切りイリスの攻撃を片手で受け（！）それをそのままイリスの腹に突っ込み戦いは終わる。
しかし　この時大爆発が起こるも傍にいたヒロインを含め「龍成」も生きている　う〜ん　恐ろしい
こいつらは実は人間じゃないのかもしれない　あなおそろしや。

　でもって助かった「綾奈」はガメラに助けられ「なぜ助けたの？」とガメラに聞いてもガメラは
やさしく微笑み返すだけで（？）去っていく場面で終わるんだけど、なんかすっきりしな〜〜〜い