突如、テニスコートに山岡先生曰く主に本州、四国、九州に分布しており、最高級のスルメになる 巨大な剣先イカが現れ、ナオキが捕らわれてしまう。ピンチのナオキ。
　しかし、校舎の上に「待ちぃーー」と転校生の師走マリーとセインが現れ、爆発とともにポージング。 マリーが「とどけ、乙女の祈り。マリースマッシュ！！」と魔法のステッキで光の玉を空にスマッシュすると、 巨大イカの上に巨大ローラーが出現し、巨大イカはあっという間にのしイカになってしまう。

　マリーとセインは魔法のほうきに乗ってみんなの前に降りて来る。ミカとリカはマリーちゃんが魔女っ子だと 驚くが、ナオキのマリーが魔女っ子の前にクラスメイトだという言葉にみんなは納得する。
　マリーはナオキの言葉に喜ぶが、魔法でみんなの記憶を消してしまう。

　校舎の上に佇むマリーとセイン。マリーは正体がバレてしまったことにガッカリ。セインは魔法を見られては しょうがないと言葉をかける。そこにセインとマリーを影から見つめるシーラがいるのだった。

　商業科1−Aにマリーが師走マリーとして転校して来た。しかし、マリーの転校はみんなに魔女っ子だった ことがバレたことにより、みんなの記憶を消してのやり直しだったのだ。
　ミカとリカは転校して来たマリーを学園祭の屋台を手伝ってもらおうと誘う。

　マリーは屋台のたこ焼きに使うタコを見てあまりのグロテスクさに驚く。マリーはミカとリカにあやうく自分が魔女っ子だということがバレそうになるが、魔法でUFOを出してみんなの気をそらし、なんとかその場を切り抜ける。
　マリーとナオキは仲良くなる。それを見ていたナオキに憧れる女3人衆はマリーに嫉妬する。そんな中で クラスメイトの神無月がタコを調理室の冷蔵庫に入れて来て欲しいとマリーに頼む。
　マリーは冷蔵庫にタコを入れて、授業に向かう。それを見て不敵に笑う神無月。

　放課後、タコがなくなってしまう。みんなの落胆する姿を見て、マリーは落ち込む。女3人衆はマリーを責めるが、ナオキとミカとリカが庇う。

　責任を感じたマリーは魔法の精を使ってタコを探す。マリーはタコがソフトボール部のグランドに埋まっていると感じる。そしてマリーはスコップでグランドを掘り返そうとする。だが、神無月が再び影で見ていた。そして神無月は「ミラクル　ミラクル　クルクルリン　お色気変身」と唱えるとシーラに変身するのだった。

　ついにマリーはタコを見つける。だがそこにシーラが邪魔に入り、魔法でタコを巨大化させてしまう。 しかもこのタコは山岡先生曰く久里浜と並ぶ名産地、明石のタコで輸入ものとは一味違うのだ。巨大タコに 捕まるナオキ。

　マリーは「ミラクル　ミラクル　クルクルリン　純情変身」と唱えてふしぎ魔女っ子マリーに変身する。 巨大タコは墨を吐いて攻撃するが、マリーはマリーちゃんプリティーお習字セットでそれを防ぐ。
　そして、マリーは「とどけ、乙女の祈り。マリーウィンドミル！！」と叫ぶと自分の投げた魔法の玉を追い 越して、魔法のステッキで打ち返そうとする。だが、山岡先生曰く球は内角へのシュートで打ってもつまってし まうのだ。しかし、マリーはドカベンよろしくバットを短く持ち替えて球を見事打ち返すと、巨大タコは巨大たこ焼きになるのだった。

　そして、マリーは再びみんなの記憶を消してしまう。

　校舎の上で黄昏るセインとマリー。セインはマリーに元気を出してもらうためにたこ焼きを差し出すが、 マリーは「タコなんか、もうタコさ〜ん」と言って逃げ出すのだった。

　マリーのクラスは春日部の「なつかし博物館」に見学に来た。博物館に入ろうとすると、突然マリーが 2人になっていた。本物がわからないナオキとミカとリカ。ミカとリカはいろいろと質問をするが2人ともまったく 同じ答えを答える。

　マリーは埒があかないため、みんなの前で変身するが、もう一人のマリーも同じくふしぎ魔女っ子に変身 してしまう。そして、みんなはマリーがふしぎ魔女っ子だと気付きおどろく。

　マリーは必殺技の「キューティクルの津波」「ウィンクの嵐」「怒涛の投げキッス」を繰り出すが、偽者の マリーも全く同じ技で対抗する。ナオキとミカとリカはどちらが本物かわからない。
　そこで山岡先生が2人のマリーに数学問題集1を投げ渡す。そして、山岡先生が32pの問1の答えを聞くと、 1人のマリーは突然めまい起こし、もう一人のマリーは問題を解こうとして慌ててめまいが起きたフリをして しまう。ナオキがその瞬間を見逃さずに偽者だと指摘すると、偽者マリーは突然狂暴になり、マリーを追い 詰める。
　マリーのピンチにナオキが励ます。マリーはナオキの励ましにより元気百倍、乙女の喜び。復活した マリーは「マリーハートフラッシュ」で偽者を倒す。偽者マリーの正体はシーラだった。そしてシーラは 逃げてしまう。

　みんなはマリーが魔女っ子だったことに驚きを隠さない。照れるマリー。そこにセインがやって来て、マリーのことをよろしくとみんなに言う。それを聞いたみんなはカワウソが喋ったと驚くが、セインは 「カワウソじゃないよ、ラッコだよ！！」と言い返す。そして、自分がマリーの弟であると言い、なんで ラッコになったか喋ろうとするがマリーに喋りすぎと怒られてしまう。
　ナオキ達はマリーが魔女っ子でも気にしないと伝えるが、マリーはみんなの記憶をまた消してしまう。

　木陰からみんなを見つめるマリーとセイン。セインは最初から自分には本物のマリーがわかっていたと 言うと、マリーは「え〜本当？」とセインを軽く小突いて、2人は笑い合うのだった。

　マリーちゃんの第1話。

　ここは魔法使いの住む魔法界。師走マリーは名門、魔法高校に通う明るく元気な16歳。魔法高校で、 マリーは魔法テストで赤点を取ってしまい、落第決定となってしまう。しかし、魔法高校には落第になら ずにすむ方法が1つだけあった。それは正体を知られずに人間界でたくさんの人間を幸せにすること だった。

　マリーの家。マリーは父親から人間界に行くことを勧められる。しかし、ラッコの姿のセインは心配だと 言う。すると、マリーの父はセインも人間界に行ってマリーを助け、そして彼のラッコに変えられた呪いを 解く方法が見つかるかもしれないと言うのだった。

　マリーの父と母が見守る中、マリーとセインは人間界に旅立つ。

　そして、商業科1−Aに転校してくるのだった。みんなに歓迎されるマリー。しかし、そこに不敵に笑う 神無月ことシーラがいるのだった。

　クレヨンしんちゃんのアバンタイトルでマリーのOPが始まる。
　「やぁ僕はセイン。見た目はラッコなんだけど、マリーの弟なんだ。マリーは魔女っ子で、魔法修行 のため、人を幸せにしにやって来てるんだけどね、正体を隠してっていうお約束があるからムズかしい んだなこれが」とセインの作品紹介が入る。

　本編が始まる。またまた、いつもの転校シーン。
　シーラは体育用具室で奥多摩のおいしい水を使い、マリーを困らせるために魔法を使う。シーラは水に映った胸像にラッカーで落書きを始めるのだった。

　胸像の「仏血義理マリー参上」という落書きを見て、驚く校長先生と山岡先生。校長はマリーを叱る。 そこにナオキとミカとリカまでやって来る。窮地に陥るマリー。
　ここでアイキャッチが入る。

　CMはマリーちゃんソーセージ。

　Bパート。マリーは自分の無実を訴える。そこに山岡先生が「仏血義理マリー参上」というクラシックで イケてない落書きをする犯人は結構いい年だと考える。するとマリーは何かに気付いて、その場を走り去る。 マリーは魔法を使ってシーラが魔法を使っていた場所を見つける。その間、なぜかセインがお腹の上で貝を 叩きつづけていた。

　見つかったシーラは変身して、落書きされた胸像を魔法で巨大化させる。巨大胸像は校舎に 「へのへのもへじ」の落書きを始める。
　マリーは校舎を守るためにみんなの前で変身してしまう。みんなは驚く。マリーは巨大胸像のラッカーで コスチュームを汚されてしまう。一張羅でクリーニング代も馬鹿にならないと怒ったマリーはスカートから ミサイルを乱射して巨大胸像を倒す。シーラは負けたもののマリーの未熟を笑うのだった。

　またまた、みんなにマリーが魔女っ子だと知られてしまい、さらにまたまた、みんんはそんなことは気に しないとマリーに言う。しかし、またまたまたマリーはみんなの記憶を消すのだった。

　暮れなずむ夕日の校舎の上、マリーとセインがいた。マリーはまた転校し直さなければならないことに ぐったり。セインにみんなの見てないところで変身しろと諭す。そんなことは構わずにマリーは 「キレイな夕日・・・」と呟き、セインも「そうだね・・・」と同意するのだった。